Noch in der Nacht vom 9. auf den 10. November wurden im ganzen Reichsgebiet etwa 30.000 männliche Juden verhaftet und in die eigens ausgebauten Konzentrationslager Buchenwald, Dachau und Sachsenhausen verbracht. In Marburg waren 31 Einwohner von den Verhaftungen betroffen, darunter auch Julius Stern. Einer der Marburger Gefangenen, Gerson Isenberg, der bis 1931 eine Metzgerei im Steinweg geführt hatte, hat die Haftbedingungen in Buchenwald nicht überlebt. Julius Stern wurde nach 4 Wochen, am 8. Dezember 1940, aus dem KZ Buchenwald entlassen.

Die "Verordnung über den Einsatz des jüdischen Vermögens" wurde auch in Marburg sofort umgesetzt: Nach seiner Rückkehr aus dem KZ Buchenwald erhielt Julius Stern ein Schreiben des Oberbürgermeisters Marburg, in dem ihm mitgeteilt wurde, dass er sein Geschäft innerhalb von 4 Wochen aufzulösen und zu verkaufen hätte.

Nur zwei Wochen nach seiner Entlassung aus dem KZ Buchenwald unterschrieb Julius Stern einen Vertrag zum Verkauf seines Hauses in der Barfüßerstraße 26. Der Käufer war Inhaber eines Marburger Installationsbetriebs, der unter anderem ein Ladengeschäft für Küchen- und Elektroartikel nur wenige Häuser entfernt, an der Hofstatt, führte.

Der Marburger Kaufmann Samuel Bacharach macht eine Strafanzeige gegen einen Unbekannten. Er stellte fest, dass in der Synagoge sämtliche Fenster beschädigt waren und Steine lagen. Überdies vernahm er einen intensiven Benzingeruch.

Der Marburger Kriminal-Oberassistent schreibt in seinem Bericht vom 09.11, dass am 08. November 1938 durch Unbekannte Scheiben der Synagoge in der Universitätsstraße zertrümmert wurden und eine Explosion stattfand. Die Suche nach den Tätern sei erfolglos verlaufen. Die Geschädigten stellen keinen Strafantrag.