Der 1842 in Coswig als Sohn eines Kantors geborene Hermann Cohen wurde nach dem Studium in Halle und seiner 1873 in Marburg erfolgten Habilitation im Sommersemester 1875 a.o. Professor an der Universität Marburg. Bereits 1876 erfolgte seine Berufung zum ordentlichen Professor. Bis zu seiner Entpflichtung im Jahr 1912 hielt er der Universität Marburg die Treue. Hermann Cohen wurde gemeinsam mit seinem Kollegen Paul Natorp zum Begründer der Marburger Schule des Neukantianismus. Neben seiner Bedeutung für den Neukantianismus ist Cohen vor allem als Religionsphilosoph hervorgetreten. Er selbst stand für ein liberales Judentum. Durch den „Berliner Antisemitismusstreit“ herausgefordert bezog er wiederholt öffentlich Stellung gegen Hass und Verachtung, die den Juden im deutschen Kaiserreich entgegengebracht wurde.

In den Jahren nach seiner Emeritierung wirkte er in Berlin an der Lehranstalt für die Wissenschaft des Judentums. Seine letzte Ruhestätte fand er im April 1918 auf dem jüdischen Friedhof in Berlin Weißensee.