Als Professor der Philipps-Universität und beratender Hygieniker der Waffen-SS war Pfannenstiel ein gefragter Redner. In dieser Rolle propagierte er insbesondere das der Kriegspropaganda dienende Ziel, die „Wehr- und Leistungsfähigkeit“ zu erhalten und zu steigern. Dies sollte geschehen durch Gesundheitsvorsorge und Hygiene, durch „Auslese-Maßnahmen“ und eine „rassisch-erbbiologische Musterung aller tüchtigen und begabten Jugendlichen“. Bis zum Ende des Krieges zeigte sich Pfannenstiel als überzeugter Vertreter der NS-Rassenhygiene. Nach dem Zweiten Weltkrieg zunächst durch die US-amerikanischen Streitkräfte interniert, war Pfannenstiel in den 1950er Jahren in der chemisch-pharmazeutischen Industrie tätig. Er starb 1982 in Marburg.